Die Existenz des ehemaligen Kapuzinergartens lässt sich bis das Jahr 1625 zurückverfolgen. Damals bewirtschafteten und pflegten Kapuzinermönche, die im angrenzenden Kloster lebten, die Gartenfläche. Nachdem die Mönche das Kloster verließen, war der Garten sich selbst überlassen. Heute leben zwei Vertreter der katholischen Ordensgemeinschaft der Passionisten im Klostergebäude, die sich um die Seelsorge an der Kapuzinerkirche in Eichstätt kümmern.
Auch der nördliche, obere Bereich des ehemaligen Kapuzinergartens ist nicht nur aus historischer Sichtweise, sondern auch aus Gründen des Biotopschutzes besonders schützenswert. Dies belegt eine Arten-Bestandsaufnahme, die die Biologen Johann Beck und Dr. Bruno Hügel veröffentlicht haben.